براساس اساسنامه دانشگاه اولين ركن دانشگاه، مؤسس دانشگاه است كه همزمان علاوه بر رياست بر هيئت امناء وظيفه انتصاب رئيس دانشگاه و اعضاي هيئت امناي دانشگاه را بر عهده دارد. همچنين نظارت عالي بر دانشگاه و هدف گذاري عالي دانشگاه برعهده ايشان است.
مؤسس دانشگاه بر مبناي اساسنامه بر عهده آيت الله واعظ طبسي، نماينده ولي فقيه و توليت آستان قدس رضوي مي باشد.